Die Verschmutzung stellt in der Aquakultur ein großes globales Problem dar, da die Nachfrage nach aquatischen Produkten und tierischem Eiweiß sowohl in Schwellen- als auch in Industrieländern stetig wächst. Die Ursachen für die Gewässerverschmutzung werden aufgezählt; Pestizide sind dabei die gefährlichsten, da sie hydrophob sind, lange bestehen bleiben und sich in verschiedenen tierischen Geweben anreichern. Der Einsatz einiger traditioneller physikalischer und chemischer Verfahren zur Gewässersanierung ist sehr kostspielig und stellt eine Gefahr für die umgebende Fauna dar; daher ist die Entwicklung einer alternativen biologischen Strategie von großer Bedeutung. Unter Bioremediation versteht man den Einsatz lebender Organismen zur Entfernung oder Entgiftung von Schadstoffen. Sie kann vor Ort (in situ) oder außerhalb des Standorts (ex situ) mittels verschiedener Strategien wie Bioattenuation, Biostimulation oder Bioaugmentation angewendet werden. Produkte auf Basis freier Enzyme und gentechnisch veränderte Mikroorganismen sind neue, vielversprechende Technologien der biologischen Sanierung. Viele Faktoren können den biologischen Sanierungsprozess beeinflussen. Biologische Sanierer - Bakterien, Pilze, Algen und Pflanzen - spielen nachweislich eine entscheidende Rolle beim biologischen Abbau von Pestiziden.
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