Es ist bekannt, dass viele Umweltfaktoren das Immunsystem beeinflussen. Sie können als Auslöser von Autoimmunität eine Rolle spielen. Bakterielle, virale und parasitäre Infektionen können Autoimmunerkrankungen auslösen und verschlimmern, hauptsächlich durch den Mechanismus der molekularen Mimikry. Tatsächlich gelten Viren und Bakterien als die wichtigsten vermuteten umweltbedingten Auslöser von Autoimmunität. Es gibt mehrere Mechanismen, durch die eine Infektion des Wirts durch einen Erreger zu Autoimmunität führen kann. Der Erreger kann Elemente tragen, die in ihrer Aminosäuresequenz oder Struktur dem Selbstantigen ausreichend ähnlich sind. T- oder B-Zellen, die als Reaktion auf den Erreger aktiviert werden, reagieren auch kreuzreaktiv auf das Selbstantigen und führen zu einer direkten Schädigung sowie zur weiteren Aktivierung anderer Teile des Immunsystems.
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