A quanto pare, la buona salute dipende dalla disponibilità di un gran numero di molecole diverse, oltre ai nutrienti già identificati, ovvero carboidrati, proteine, grassi, minerali e vitamine. Molte di queste molecole vengono assunte attraverso l'alimentazione e rese disponibili nell'intestino crasso grazie all'azione fermentativa del microbiota. Il microbiota esercita principalmente effetti trofici sull'epitelio intestinale e sul sistema immunitario, fondamentali per la salute intestinale complessiva. Inoltre, la diversità degli alimenti forniti sia agli animali che agli esseri umani è drasticamente diminuita negli ultimi tempi. Molte molecole importanti presenti negli alimenti vengono inoltre distrutte dai metodi di conservazione e lavorazione. A questo proposito, le interazioni tra il microbiota intestinale, l'epitelio intestinale e il sistema immunitario rappresentano gli aspetti fondamentali su cui concentrarsi. Per affrontare questa questione sono stati utilizzati vari approcci, tra cui l'uso di prebiotici quali l'inulina e i FOS (frutto-oligosaccaridi).
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