Une bonne santé dépendrait apparemment de la présence d'un grand nombre de molécules diverses, au-delà des nutriments identifiés, à savoir les glucides, les protéines, les lipides, les minéraux et les vitamines. Bon nombre de ces molécules sont apportées par l'alimentation et rendues disponibles dans le gros intestin grâce aux actions fermentatives du microbiote. Le microbiote exerce principalement des effets trophiques sur l'épithélium intestinal et le système immunitaire, qui sont essentiels à la santé intestinale globale. De plus, la diversité alimentaire, tant chez les animaux que chez les humains, a considérablement diminué ces dernières années. De nombreuses molécules importantes présentes dans les aliments sont également détruites par les méthodes de stockage et de transformation. À cet égard, les interactions entre le microbiote intestinal, l'épithélium intestinal et le système immunitaire constituent des aspects importants sur lesquels il convient de se concentrer. Diverses approches ont été utilisées pour résoudre ce problème, notamment le recours à des prébiotiques tels que l'inuline et les FOS (fructo-oligosaccharides).
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