Modellizzazione per omologia delle proteine Cry specifiche i ditteri del Bt: Caratterizzazione fisico-chimica e funzionale, previsione della ... costruzione validazione modello

È stata effettuata la caratterizzazione fisico-chimica di 4 proteine Cry e sono state interpretate proprietà quali peso molecolare, pI, EC, AI, GRAVY, composizione aminoacidica e indice di instabilità. I valori più elevati di GRAVY e AI sono stati riscontrati in Cry4Aa (0,827) e cry2Aa 1 (84,53). Ai fini della caratterizzazione funzionale, sono state effettuate previsioni relative a motivi, schemi, ponti disolfuro, struttura secondaria, regioni transmembranarie e domini delle proteine Cry. Per la modellazione per omologia (SwissModel ed EsyPred3D) sono state utilizzate quattro sequenze modello (1I5P, ADL6, 2C9K e 1W99) al fine di prevedere la struttura tridimensionale. Il punteggio LG per i modelli 1I5P, ADL6, 2C9K e 1W99, riportato da SwissModel ed EsyPred, indicava modelli di ottima qualità. I siti attivi delle proteine sono stati determinati dal server CASTp e variavano da 83 a 239. L'area e il volume della tasca variavano rispettivamente da 422,9 a 5828 e da 518,1 a 3719,2. La validazione dei modelli strutturali è stata effettuata utilizzando PROCHECK. I modelli sono stati ulteriormente verificati con WHAT IF. Entrambe le strutture sono state analizzate utilizzando lo strumento ProFunc, che ha evidenziato funzioni diverse in quanto presentavano strutture e siti attivi differenti. Pertanto, la struttura svolge un ruolo fondamentale nel determinarne la funzione.