A microbiota oral desempenha um papel fundamental no início e na progressão da doença periodontal. Devido à multiplicidade de fatores que controlam o estabelecimento e a evolução a longo prazo da microbiota oral, existe uma grande heterogeneidade na composição da microbiota periodontal entre os diferentes indivíduos. Apesar destas diferenças individuais e das interações complexas entre as bactérias e o hospedeiro, bem como entre as próprias bactérias, foi demonstrada uma associação entre certas espécies e várias formas de doença periodontal. Está disponível uma variedade de testes de diagnóstico microbiológico para a avaliação de doentes com doença periodontal. Um passo fundamental no diagnóstico de uma doença consiste na identificação do microrganismo causador. Os recursos de diagnóstico avançados têm vindo a desempenhar um papel cada vez mais vital neste processo, tanto na identificação como no tratamento da doença periodontal.
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