Identification par des méthodes informatiques de nouveaux biomarqueurs du cancer côlon: Gènes moteurs spécifiques à chaque stade et sous-réseaux

Ce travail propose une nouvelle approche de biologie des systèmes visant à identifier les gènes et les produits géniques spécifiques impliqués dans la progression du cancer du côlon, depuis la tumorigenèse jusqu'aux métastases. Une méta-analyse par stade des données de séquençage du génome tumoral issues du domaine public a été réalisée, et plusieurs approches ont été utilisées pour identifier de nouveaux gènes responsables de l'initiation, de la progression et des métastases du cancer du côlon. Les gènes moteurs consensuels spécifiques à chaque stade ont servi de base à la construction de réseaux ad hoc spécifiques à chaque stade, qui ont été analysés pour déterminer la centralité des gènes, le regroupement des sous-réseaux et l'enrichissement des processus de l'ontologie des gènes. Neuf nouveaux gènes moteurs ont été identifiés comme jouant un rôle central dans l'initiation et la tumorigenèse du cancer du côlon. Trois, quatre et trois nouveaux gènes moteurs ont été identifiés comme des n¿uds centraux pour la progression vers les stades II, III et IV, respectivement. Nos résultats ont été corroborés par des modules de sous-réseaux et une analyse ontologique. Notre étude a permis d'identifier des biomarqueurs diagnostiques potentiels pour le cancer du côlon ainsi que de nouvelles cibles thérapeutiques spécifiques à chaque stade pour une intervention rationnelle. Notre méthodologie est extensible à l'analyse d'autres types de cancer afin de combler les lacunes de nos connaissa