Molekulare Erkennung des humanen Papillomvirus bei Mundhöhlenkarzinomen

Die Rolle des humanen Papillomvirus (HPV) als potenzieller ätiologischer Faktor bei Mundhöhlenkarzinomen (OC) wird seit drei Jahrzehnten diskutiert. Die Pathogenese von HPV bei Gebärmutterhalskrebs ist gut erforscht und die Internationale Agentur für Krebsforschung hat die Rolle von HPV bei mehreren Kopf- und Halskrebsarten anerkannt. Der Nachweis eines definitiven Zusammenhangs zwischen HPV und OC ist jedoch nach wie vor umstritten. Die sequenzbasierte Genotypisierung (SBG) bietet den Anwendern mehrere Vorteile, darunter eine generische Probenvorbereitungsmethode, eine einheitliche Bioinformatik-Workflow-Strategie zur Erreichung von Genotypisierungszielen, die auf einzelne Arten zugeschnitten sind, unabhängig von der Verfügbarkeit einer Referenzsequenz. Das herausragendste Merkmal ist die Fähigkeit, jede Populationsstruktur zu genotypisieren, unabhängig davon, ob elterliche Daten enthalten sind, und die Fähigkeit, SNP-Marker (Single Nucleotide Polymorphism), die in Populationen segregieren, kodominant zu bewerten.