A boa saúde depende, aparentemente, da disponibilidade de um grande número de moléculas diversas, para além dos nutrientes identificados, nomeadamente hidratos de carbono, proteínas, gorduras, minerais e vitaminas. Muitas destas moléculas são fornecidas através dos alimentos e disponibilizadas no intestino grosso por meio das ações fermentativas da microbiota. A microbiota exerce principalmente efeitos tróficos no epitélio intestinal e no sistema imunitário, que são fundamentais para a saúde intestinal global. Além disso, a diversidade alimentar, tanto para os animais como para os seres humanos, tem vindo a diminuir drasticamente nos últimos tempos. Muitas moléculas importantes presentes nos alimentos são também destruídas pelos métodos de armazenamento e transformação. Neste contexto, as interações entre a microbiota intestinal, o epitélio intestinal e o sistema imunitário são os aspetos importantes a ter em conta. Têm sido utilizadas várias abordagens para resolver esta questão, incluindo o uso de prebióticos, tais como a inulina e os FOS (frutooligossacarídeos).
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