Os prebióticos têm sido usados mais recentemente para modular a microflora do cólon, pois são baratos, podem ser incorporados em uma grande variedade de alimentos, resistem até mesmo às condições adversas do trato gastrointestinal e provocam mais mudanças em comparação com os probióticos. Os prebióticos são ingredientes não digeríveis que afetam positivamente o hospedeiro, estimulando seletivamente a atividade ou o crescimento de uma ou de um número limitado de bactérias do cólon, melhorando assim a saúde do hospedeiro.
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